Sinopse: Homunculus conta a história de Susumo Nakoshi, um sujeito estranho que mora em um velho carro estacionado ao lado de um grande parque e de um luxuoso hotel. Um sujeito misterioso com um passado igualmente misterioso, dependendo de quem pergunte, a resposta sobre quem ele é e o que faz varia. Certo dia, um estranho sujeito, Manabu Ito, aparece para Nakoshi e lhe faz uma proposta de 700 mil ienes para que Nakoshi se submeta a um bizarro experimento, a trepanação, realizada desde a antiguidade com o objetivo de estudar sobre os dons paranormais que tal operação pode dar ao paciente.
